Đa nguyên và dân chủ là hai nguyên lý căn bản trong việc hình thành và liên kết các giáo hội có tổ chức trong cộng đồng Kháng Cách trên thế giới.[76] Đồng thuận với nhau về những nguyên lý thần học căn bản thể hiện trong Năm Tín lý Duy nhất, tinh thần hiệp nhất giữa các hệ phái lập nền trên giáo thuyết Hội thánh vô hình[77] - phân biệt với "hội thánh hữu hình" trên đất - bao gồm con dân thật của Chúa, và chỉ có Chúa biết họ.[78] Như vậy, các hệ phái được thành lập để đáp ứng những nhu cầu đa dạng mà mỗi hội đoàn đều gặp phải như sự khác biệt về địa lý, phong tục tập quán, cơ cấu tổ chức, hoặc mục tiêu hoạt động mà vẫn duy trì sự hiệp nhất thuộc linh và sự hợp tác trong nỗ lực truyền bá phúc âm và các hoạt động xã hội.

Bên cạnh Hội thánh Tin Lành Việt Nam – cho đến nay vẫn là giáo hội lớn nhất và nhiều ảnh hưởng nhất trong cộng đồng Kháng Cách– còn có những hệ phái sớm có mặt tại Việt Nam như Hội Truyền giáo Cơ Đốc (1957), Báp-tít (1959), Hội thánh Đấng Christ (1959).[2] Ngoài ra còn có các hệ phái khác như Trưởng Lão, Ngũ Tuần, Giám Lý, Mennonite, Môn đệ Đấng Christ…với những nhóm độc lập bên trong mỗi hệ phái.[7]

Do có những khác biệt quan trọng và căn bản trong thần học và sống đạo, các hệ phái như Cơ Đốc Phục lâm, Chứng nhân Giê-hô-va, Mormon... tuy cũng là Kháng Cách nhưng không được công nhận là một thành phần trong cộng đồng Tin Lành.